전세권설정등기는 민법의 전세권에 관한 규정에 의하여 그 설정순위에 따라 당연히 물권적 효력인 순위보호가 인정되는데 반하여, 확정일자제도는 1989년 12월 30일부터 시행되는 주택임대차보호법의 개정규정에 의하여 사회적 약자인 세입자를 보호하기 위하여 원칙적으로 채권계약인 주택임대차에 대하여 물권적 효력(순위에 따른 우선변제의 효력)을 인정하는 제도라는 점에 근본적인 차이점이 있습니다.

구체적인 차이점을 살펴보면 다음과 같습니다.

첫째, 확정일자제도에 의한 순위가 인정되기 위해서는 각 등기소나 공증사무소 또는 동사무소에서 확정일자인을 받는 이외에 주민등록의 전입신고 및 주택을 인도받아 실제거주(입주)할 것을 그 요건으로 함에 반하여, 전세권설정등기는 등기만 설정해두면 그 설정순위에 따라 당연히 순위가 보호됩니다.

둘째, 확정일자제도는 등기소나 공증인사무실 또는 동사무소에서 저렴한 비용으로, 또한 임대차계약서만 있으면 되므로 임대인의 동의여부와는 관계없이 신속, 간편한 절차에 의해 확정일자를 받을 수 있음에 반하여, 전세권설정등기는 임대인의 협력없이는 등기자체가 불가능하며, 그 절차의 복잡으로 인해 대부분의 경우 법무사의 협조를 얻어야 하고, 그 비용 또한 확정일자인을 받는데 비하여 많은 비용이 소요된다. 또한, 전세기간만료시에는 전세권설정등기를 말소해주어야 합니다.

셋째, 전세계약기간이 만료된 경우에 이사를 하고자 하지만 임대인이 보증금을 반환치 않는 경우, 확정일자를 받아둔 임차인은 별도로 임차보증금반환청구소송을 제기하여 승소판결을 받은 후 그 확정판결문에 기하여서만 강제집행을 신청할 수 있음에 반하여, 전세권설정등기를 경료한 전세권자는 위와 같은 경우 민사소송법의 담보권실행 등을 위한 경매(임의경매)규정에 근거하여 판결절차없이도 직접 경매신청이 가능합니다.
다만, 건물의 일부에 대하여 전세권설정등기를 한 경우 그 나머지 건물부분에 대하여는 우선변제권은 인정되지만 임차부분에 대한 분할등기없이 전체에 대한 경매신청을 할 수 없습니다.
(대법원 1992.3.10.자,91마256,257 결정)

넷째, 확정일자만 갖춘 경우는 경매절차에서 별도의 배당요구를 하여야 하지만, 전세권설정등기를 한 경우는 별도의 배당요구없이도 순위에 의한 배당을 받을 수 있습니다.

다섯째, 확정일자를 갖춘 경우에는 임차주택외에 그 대지의 환가대금에서도 우선배당을 받을 수 있으나, 대지를 포함하지 않고 주택만 전세권등기한 경우는 대지의 환가대금에서 우선배당을 받을 수 없습니다.
다만, 이에 관하여 대법원은 "아파트건물만에 저당권이 설정된 경우에 대지권을 건물의 종된 권리로 보아 저당권의 효력은 저당부동산의 종물 등에 미친다는 민법 제358조 규정을 유추하여 건물만에 설정된 저당권이라도 그 효력이 대지권에 미치므로 대지권의 경락대금에서도 배당받을 수 있다"고 판시하였습니다.
(대법원 1995.8.22.선고,94다12722)

다만 현실적으로 주택전세권설정등기는 주택소유인등의 협력을 요하는 등 절차가 번거롭기 때문에 거의 이루어지지 않고 있습니다.